Daktaro Jono Basanavičiaus asmeninė biblioteka – vienas įspūdingiausių XX a. lietuvių kultūros paminklų. Knygas J. Basanavičius pradėjo kaupti dar mokydamasis Marijampolės gimnazijoje, vėliau papildė šį rinkinį studijų metais. Asmenine biblioteka virto jam išvykus gyventi ir dirbti Bulgarijoje. 1905 m. grįždamas į Vilnių, J. Basanavičius atsivežė ir savo biblioteką, kuri ir Lietuvoje buvo toliau pildoma ir tvarkoma. 1907 m. susikūrus Lietuvių mokslo draugijai, dovanoja jai savo knygas, periodiką, smulkiuosius spaudinius. Yra išlikęs rankraštinis, paties Basanavičiaus ranka rašytas bibliotekos katalogas, kuriuo remiantis iš gausaus Lietuvių mokslo draugijos bibliotekos fondo buvo išrinkti ir aprašyti J. Basanavičiui priklausiusios knygos ir periodiniai leidiniai. Šiandien ją sudaro 2284 knygos, 2832 tomai, 630 laikraščių ir žurnalų, 145 kartografiniai leidiniai ir 249 atvirukai, kurie saugomi rankraštyne. Beveik visi leidiniai turi J. Basanavičiaus autografą ar jo asmeninį antspaudą, išmarginti įvairių jo ranka darytų pastabų. Daug knygų su autorių dedikacijomis, dalis tomų įrišti ypatingu būdu. Visi leidiniai kruopščiai ištyrinėti ir aprašyti knygoje „Jono Basanavičiaus asmeninės bibliotekos katalogas“ (V.: LLTI, 2008). Internete veikia ir elektroninis šios knygos variantas.